Certyfikację wina przeprowadza się na wniosek producenta wyrabiającego wino z winogron pozyskanych z upraw winorośli położonych na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej. Wniosek należy złożyć w terminie do 15 sierpnia danego roku gospodarczego, bezpośrednio do siedziby Wojewódzkiego Inspektoratu JHARS właściwego ze względu na miejsce wyrobu wina.

Za przeprowadzenie certyfikacji pobierana jest opłata, zgodnie ze stawkami określonymi w rozporządzeniu Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z dnia 15 grudnia 2011 roku w sprawie stawek opłat za przeprowadzenie certyfikacji wina z określonego rocznika lub wina z określonej odmiany winorośli  (Dz. U. z 2012 r. Nr 0, poz. 3). Opłata stanowi dochód budżetu państwa i należy ją wnieść na rachunek bankowy Wojewódzkiego Inspektoratu JHARS właściwego ze względu na miejsce wyrobu wina. Dowód wniesienia opłaty dołącza się do wniosku o przeprowadzenie certyfikacji.
 

Na wniosek Wojewódzkiego Inspektora JHARS, w ramach procedury certyfikacji wina z określonego rocznika lub wina z określonej odmiany winorośli, kontrolę przeprowadza Wojewódzki Inspektor Ochrony Roślin i Nasiennictwa właściwy ze względu na miejsce wyrobu wina. Kontrola ta ma na celu ustalenie zgodności ze stanem faktycznym informacji dotyczących uprawy winorośli w danym roku gospodarczym, w tym jej lokalizacji, powierzchni oraz odmian winorośli, w przypadku wyrobu wina z określonej odmiany winorośli. Po otrzymaniu wyników powyższej kontroli, Wojewódzki Inspektor JHARS właściwy ze względu na miejsce wyrobu wina niezwłocznie przeprowadza kontrolę wyrobu win podlegających certyfikacji w miejscu ich produkcji.
 

Po przeprowadzeniu certyfikacji Wojewódzki Inspektor JHARS wydaje decyzję w sprawie nadania numeru identyfikacyjnego każdej partii wina z określonego rocznika lub wina z określonej odmiany winorośli, zawierającą określenie ilości litrów wina w partii, której nadano numer.
 

Numer identyfikacyjny partii wina jest nadawany zgodnie z zasadami określonymi w rozporządzeniu Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z dnia 16 grudnia 2011 roku w sprawie sposobu ustalania i umieszczania numeru identyfikacyjnego partii wina z określonego rocznika lub wina z określonej odmiany winorośli (Dz. U. z 2012 r. Nr 0, poz. 4). Przykładowy numer identyfikacyjny to ORWI24.KO.8230.1.2012/150, gdzie poszczególne elementy to:

• OR – oznaczenie, które wskazuje wino z określonego rocznika (R) oraz wino z określonej odmiany winorośli (O),
• WI24.KO.8230.1.2012 – znak decyzji w sprawie nadania numeru identyfikacyjnego,
• 150 – ilość litrów partii wina.

Ustawa z dnia 12 maja 2011 roku o wyrobie i rozlewie wyrobów winiarskich, obrocie tymi wyrobami i organizacji rynku wina przewiduje sankcje w przypadku podawania przez producenta na etykiecie rocznika wina lub nazwy odmiany winorośli, podczas gdy nie posiada on nadanego numeru identyfikacyjnego. Karze grzywny podlega również osoba, która posiadając nadany numer identyfikacyjny dla określonej partii wina, podaje go na etykiecie w nieprawidłowy sposób.