Była to odpowiedź na obawy dotyczące szybko pogarszającego się stanu dzikiej flory i fauny oraz utraty siedlisk przyrodniczych w związku ze zmianami sposobu użytkowania gruntów, zanieczyszczeniem i niekontrolowanym rozwojem miast. Aby zapewnić gatunkom i siedliskom możliwość regeneracji, dyrektywa ustanowiła Naturę 2000 – sieć obszarów chronionych – a instrument finansowy LIFE stanowił strategiczne wsparcie rozwoju tej sieci.
 

Komisarz ds. środowiska UE Janez Potočnik powiedział: "Dziś, gdy obchodzimy dwudziestolecie przyjęcia tych aktów prawnych, możemy być dumni z przepisów UE w dziedzinie ochrony środowiska, które pomagają nam traktować nasze bogate dziedzictwo przyrodnicze z szacunkiem i dbałością. Różnorodność biologiczna to nasza polisa na życie, a sieć Natura 2000, która chroni obszary o największej różnorodności biologicznej, stanowi jej fundament. W ciągu ostatnich dwóch dziesięcioleci poczyniliśmy ogromne postępy i jest wiele powodów do radości, ale przyroda wciąż potrzebuje naszej pomocy i odwdzięczy się nam po wielokroć dzięki utrzymaniu podstawowych funkcji ekosystemu."

 

W ciągu dwudziestu lat od jej przyjęcia dyrektywa umożliwiła powstrzymanie zakrojonej na wielką skalę destrukcji naszych najwartościowszych obszarów o wysokiej różnorodności biologicznej, a niektóre gatunki i siedliska już wykazują oznaki regeneracji. Sieć Natura 2000 składa się z ponad 26 000 obszarów chronionych o powierzchni równej łącznej powierzchni Niemiec, Polski i Republiki Czeskiej. Sieć obejmuje prawie 18% terytorium UE, w tym 200 000 km kwadratowych chronionych obszarów morskich. Na przykład w Słowenii obszary chronione zajmują ponad jedną trzecią terytorium.
 

W ciągu ostatnich 20 lat wzrosło finansowanie UE na rzecz ochrony przyrody. W ramach programu LIFE, przyjętego w tym samym czasie, co dyrektywa siedliskowa, przeznaczono ponad 1,2 mld euro na zarządzanie ponad dwoma tysiącami obszarów Natura 2000 i na ich odbudowę.