Jak podaje MRiRW, zgodnie z postanowieniami niniejszej dyrektywy państwa członkowskie UE mogą stosować minimalną stawkę akcyzy jedynie do olejów napędowych oznaczonych kodem CN 2710 19 41 do 2710 19 49 używanych w rolnictwie, ogrodnictwie, hodowli ryb i leśnictwie. Stosownie do art. 8 Dyrektywy Rady 2003/96/WE opodatkowanie podatkiem akcyzowym oleju napędowego wykorzystywanego do produkcji rolnej może zostać obniżone do 21 Euro za 1.000 l, natomiast zgodnie z art. 6 tej dyrektywy Państwa Członkowskie mogą przyznawać zwolnienia lub obniżki w poziomach opodatkowania bezpośrednio, przez zróżnicowaną stawkę, przez refundowanie całości lub części kwoty opodatkowania - pod kontrolą fiskalną.

Wytyczne Wspólnoty w sprawie pomocy państwa w sektorze rolnym i leśnym na lata 2007-2013 (Dz. Urz. UE C 319 z 27.12.2006, str 1) w części VI.F. Pomoc związana ze zwolnieniem z podatków na mocy dyrektywy 2003/96/WE stanowią, że jeśli środek podatkowy przewidziany w art. 8 i art. 15 ust. 3 ww. Dyrektywy Rady 2003/96/WE jest w równym stopniu stosowany w całym sektorze, Komisja uznaje, że środek ten może przyczynić się do rozwoju tego sektora. Zgodnie z Wytycznymi zastosowanie minimalnych poziomów opodatkowania określonych w dyrektywie Rady 2003/96/WE, do produktów wykorzystywanych jako paliwa silnikowe dla celów produkcji rolnej zostanie uznane za zgodne z art. 108 ust. 3 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej, pod warunkiem, że spełnia odpowiednie wymogi tej dyrektywy i jeżeli nie zostanie wprowadzone zróżnicowanie.

Reasumując, w opinii resortu rolnictwa nie jest możliwe dokonywanie zwrotu podatku akcyzowego zawartego w cenie biopaliwa oznaczonego kodem CN innym niż 2710 19 41 do 2710 19 49.

Równocześnie MRiRW poinformowało, że w ustawie z dnia 26 listopada 2010 r. o zmianie niektórych ustaw związanych z realizacją ustawy budżetowej (Dz. U. Nr 238, poz. 1578 z późn. zm.) wprowadzono zapisy, które umożliwiają stosowanie w okresie od 1 maja 2011 r. do 31 grudnia 2011 r. obniżonych stawek akcyzy dla:

• wyrobów powstałych ze zmieszania benzyn silnikowych z biokomponentami, zawierających powyżej 80% biokomponentów - obniżenie akcyzy o 1,56 zł od każdego litra biokomponentów dodanych do tych benzyn, z tym że kwota należnej akcyzy nie może być niższa niż 10,00 zł/1000 litrów;
• wyrobów powstałych ze zmieszania olejów napędowych z biokomponentami, zawierających powyżej 80% biokomponentów - obniżenie akcyzy o 1,04 zł od każdego litra biokomponentów dodanych do oleju napędowego, z tym że kwota należnej akcyzy nie może być niższa nit 10,00 zł/1000 litrów;
• biokomponentów stanowiących samoistne paliwa, przeznaczonych do napędu silników spalinowych - stawka akcyzy wynosi 10,00 zł/1000 litrów.
  
  

Powyższy mechanizm obniżonych stawek akcyzy będzie obowiązywać jednak po uzyskaniu notyfikacji Komisji Europejskiej o zgodności pomocy publicznej w formie obniżonych stawek ze wspólnym rynkiem.